Az inaktivált vakcinák elölt baktériumokat vagy vírusokat tartalmaznak, például a kolera vagy a szamárköhögés kórokozóit. Az élő mikroorganizmusok vagy azok mérgező összetevőinek inaktiválását kémiai vagy fizikai (hőkezelés, sugárkezelés) módszerekkel végzik. Az inaktivált vakcinák előállítása során fontos technikai követelmény, hogy az inaktiválás ne károsítsa az immunválasz kiváltását biztosító antigén szerkezetét. Az inaktivált kórokozókat tartalmazó oltóanyagok elsősorban ellenanyagtermelést és ellenanyagokkal kapcsolatos immunválaszt indukálnak, a sejtes immunválasz intenzitása elmarad az élő kóraokozókat tartalmazó (attenuált) oltóanyagok által kiváltott sejtes immunválaszétól. Az inaktivált vakcinák immunogén hatását adjuvánsok hozzáadásával lehet fokozni. Inaktivált vakcinák alkalmazásakor az antigén kezdeti mennyisége jelentős, azt követően azonban hamar csökkenni kezd, vagyis az antigén jelenléte viszonylag rövid ideig tart. Emiatt az oltás utáni immunitás időtartama is korlátozott, ami általában 10 évnél rövidebb. A szükséges szintet elérő antitest-termeléssel összefüggő immunitás fönntartásához emlékeztető oltások („boosterelés”, erősítés) szükségesek.
Az attenuált élő vakcinák olyan oltóanyagok, melyek élő, infektív és immunogén képességüket megtartó, de nem patogén tulajdonságú mikróbákat (vírusokat vagy baktériumokat) tartalmaznak. Az attenuálásnak nevezett folyamat során a kórokozó tenyésztése vagy nem annak természetes gazdaszervezetében, vagy laboratóriumi körülémyek között (in vitro) történik, miközben a kevésbé alkalmazkodó kórokozókat eliminálják. Az attenuálás csökkenti a mikroorganizmus életképességét és fertőzőképességét, de az attenuált vakcinák hosszan életképesek maradnak a beoltott szervezetben, miáltal tartós iummunválaszt generálnak, ami gyakran élethossziglan fönnmarad. Az attenuált vakcinák által kiváltott immunválasz nagyon hasonló a természetes fertőzés során észlelthez, erőteljesebb és hosszabban tartó, mint az elölt kórokozókat tartalmazó vakcinák esetében. Adjuvánsok alkalmazására az attenuált vakcinákban nincs szükség. Az attenuált vakcinák jelentős kockázati tényezője, hogy a maradék virulens kórokozók a sorozatos átoltások során megszaporodhatnak és túlsúlyba kerülhetnek.
Az alegység vakcinák a (teljes) mikroorganizmus valamely immunválaszt kiváltani képes összetevőjét tartalmazzák, például egy baktérium (pl. Streptococcus pneumoniae) kapszulájának egyik alkotórészét vagy például egy immunogén vírusfehérjét (például a hepatitis B felszíni antigénje). Az alegység vakcinák előnye, hogy biztonságosan adhatók kisgyermekeknek, akikben az teljes, élő mikroorgaizmust tartalmazó vakcinák vagy túl virulensek lennének, vagy „túlattenuáltak” (utóbbi esetben csökkent immunogentásúak).
A toxoid vakcinákkal kapcsolatos elvárás, hogy ne legyenek toxikusak, viszont az eredeti méreganyaghoz (toxin) hasonlóan képesek legyenek ellenanyagtermelést kiváltani.
A konjugált vakcinák általában tisztított poliszacharid vakcinák. 2 éves kor alatt gyenge immunválaszt indukálnak, mert immunogenitásuk gyenge. Ha a poliszacharid antigént kovalens kötéssel egy szállító fehérjéhez kötik, az immunválasz fölerősödik.